যেসকল অতিশয় ক্ষুদ্র কণিকা দ্বারা পরমাণু গঠিত তাদেরকে মূল কণিকা বলে। মূল কণিকা ৩ প্রকার। যথা:
১. স্থায়ী মূল কণিকা
যে সকল মূল কণিকা সকল পরমাণুতেই পাওয়া যায়, তাদেরকে স্থায়ী মূল কণিকা বলে। এগুলো হলো নিউট্রন, প্রোটন, ইলেকট্রন।
২. অস্থায়ী মূল কণিকা
যে সকল মূল কণিকা কোনো কোনো পরমাণুতে অস্থায়ী সময়ের জন্য পাওয়া যায়, তাদেরকে অস্থায়ী মূল কণিকা বলে। এগুলো হলো নিউট্রিনো, অ্যান্টিনিউট্রিনো, পজিট্রন, মেসন ইত্যাদি।
৩. কম্পোজিট মূল কণিকা
স্থায়ী ও অস্থায়ী মূল কণিকা ব্যতীত যে ভারী কণিকাগুলো পাওয়া যায়, তাদেরকে কম্পোজিট মূল কণিকা বলে। যেমন- আলফা কণা (হিলিয়ামের নিউক্লিয়াস), ডিউটেরন কণা।