আসলে বর্তমানে পৃথিবীতে অনেক ধরনের মাইক্রোস্কোপ আছে। প্রযুক্তি এগিয়ে যাচ্ছে। প্রয়োজনের দাবিতে আবিষ্কৃত হচ্ছে নতুন নতুন মাইক্রোস্কোপ। তবে মাইক্রোস্কোপ কত প্রকার বলতে যুগান্তকারী দুইটি ভাগই বিবেচনা করা যেতে পারে। এগুলো হলো-
# আলোক অনুবীক্ষণ যন্ত্র
# ইলেকট্রন অনুবীক্ষণ যন্ত্র
আলোক অনুবীক্ষণ যন্ত্র একদম প্রাথমিক পর্যায়ের অনুবীক্ষণ যন্ত্র। তবে এটার আবিষ্কারের মাধমেই মাইক্রোস্কোপের পথচলার শুরু। এটির আবিষ্কারক নিয়ে মতবিরোধ আছে। তবে আনুমানিক ১৬০০ শতাব্দীর শেষের দিকে এটি আবিষ্কৃত হয়। মাইক্রস্কোপের ইতিহাসের দ্বিতীয় বিস্ময় হলো ইলেকট্রন মাইক্রোস্কোপ। এটি আবিষ্কৃত হয় ১৯৩১ সালে।
তবে বর্তমানে স্কেনিং প্রোব মাইক্রোস্কোপকেও একটি প্রকার হিসেবে ধরা হয়। সেক্ষেত্রে বলা যেতে পারে, বর্তমানে মাইক্রোস্কোপ মূলত তিন প্রকার। যথা-
১. আলোক অনুবীক্ষণ যন্ত্র
২. ইলেকট্রন অনুবীক্ষণ যন্ত্র
৩. স্কেনিং প্রোব মাইক্রোস্কোপ
অনেক ধরনের মাইক্রোস্কোপ থাকলেও প্রায় সবগুলোর মেকানিজমই এই তিনটার মূলনীতি থেকেই এসেছে। সম্পূর্ণ ভিন্ন কোনো মূলনীতির মেকানিজম নিয়ে এখনো কোনো মাইক্রোস্কোপ আবিষ্কৃত হয়নি।